Тайны Русской Православной церкви Т.3 - стр. 25
Созванный по этому поводу в 1441 году в Москве Собор епископов Восточной Руси (Великого княжества Московского), осудил митрополита Исидора как еретика и отступника и отверг Унию.
Московский Собор 1448 г., созванный великим князем Василием, 15 декабря поставил на Русскую митрополию епископа Рязанского Иону без согласования с Константинопольским патриархом-униатом (Константинопольские патриарх и император находились в Унии до взятия турками Константинополя, до 29 мая 1453 года), с титулом «Митрополит Киевский и всея Руси».
15 декабря 1448 года Русская церковь с центром в Москве становится де-факто автокефальной.
После захвата Константинополя турками и уничтожения в нём Унии, сношения между русскими и греками возобновились.
При заключении 31 августа 1449 года между Московским князем Василием и Польским королём Казимиром мирного договора, митрополит Иона ходатайствовал о том, чтобы русские православные епархии, находящиеся в Польше и Литве, были в его митрополии.
31 января 1451 года король Казимир частично исполнил просьбу митрополита и вручил тому «столецъ митрополичь Кiевскый и всея Руси, как первiе было по установленiю и обычаю рускаго христiяньства» (имелись в виду православные епархии в Литве, но не в Галиции).
В 1458 году у московского митрополита Ионы под давлением Римского папы Калликста III польский король Казимир IV отнял русские епархии, находившееся в Литве, и поставил во главе их митрополита-униата Григория.
Григорий в 1470 году вышел из унии и был принят в общение православным Константинопольским патриархом.
Образовалось две митрополии: самопровозглашенная Московская и Киевская, которая была частью Константинопольского патриархата. С 1448 по 1589 год Московская Церковь управлялась фактически независимыми Киевскими, а затем Московскими и всея Руси митрополитами.
Созванный митрополитом Ионой в конце 1459 года Собор московских епископов констатировал факт разделения Русской митрополии, Собор решил быть «неотступным от Святой Церкви Московской».
Начиная с правления Иоанна III, в Русском государстве начала формироваться религиозно-историософская и политическая идеология, согласно которой, вследствие политического падения Византии, единственным государственным оплотом вселенского православия становилась Москва, которая получала достоинство Третьего Рима.
В несколько модифицированном виде эта идея была формально закреплена в Уложенной Грамоте 1589 года от имени Константинопольского Патриарха Иеремии II.
В Русской Церкви в данный период формировался взгляд на русское благочестие как единственное во всём мире неповреждённое и спасительное учение Христа. Христиане иных исповедований не считались таковыми и подлежали перекрещиванию при присоединении к православию (q. v. в статье Латинство).