Светочи тьмы. Физиология либерального клана: от Гайдара и Березовского до Собчак и Навального - стр. 38
В январе 1999 года было сообщено о наличии у Березовского личной спецслужбы – частного охранного предприятия «Атолл» (впервые о нем стало известно в августе 1996 года из-за задержек Березовским зарплаты), занятой как минимум слежкой и сбором компромата на его врагов и партнеров. Шпионаж «Атолла» за членами «семьи» Ельцина (и то, что Березовский мог быть в курсе их действий и склонностей), не прибавило ему популярности в ней.
По словам руководителя «Атолла», работавшего с Березовским с 1994 года (что позволяет предположить, что «Атолл» и был созданным для его охраны спецподразделением ФСБ), тот потратил на его создание 3,5 млн. долл. Содержание обходилось в 300–400 тыс. долл. в месяц, в том числе 100 тыс. шло на агентуру. С 1995 года «Атолл» записывал все разговоры в доме приемов «ЛогоВАЗа», где собиралась связанная с Березовским часть элиты страны (возможно, разговоры записывались и до того, но другими его людьми). В ходе одного из конфликтов Березовского и Гусинского каждый из них, похоже, отдал своей спецслужбе приказ убить конкурента, но их руководители договорились не развязывать войну на уничтожение; возможно, слепое исполнение ими приказа избавило бы страну от многих бед.
Генпрокуратура возбудила уголовное дело и провела безрезультатную серию обысков в «Атолле», но Березовский, перепугавшись, спрятался в Швейцарии и избавился от него, сначала сократив, а затем и прекратив его финансирование. В результате свою политическую деятельность он продолжил без глаз и рук, что еще более снизило ее эффективность и разумность.
В ходе нарастающего скандала Ельцин в начале марта уволил Березовского с поста исполнительного секретаря СНГ «зарегулярные действия, выходящие за рамки полномочий и невыполнение поручений председателя Совета глав государств СНГ» (то есть самого Ельцина).
2 апреля 1999 года лидеры стран СНГ утвердили отставку, а уже 6 апреля генпрокуратура вынесла постановление о заключении под стражу Березовского и его помощника, заместителя гендиректора «Аэрофлота» Глушкова. Лишь 14 апреля это решение было отменено, но дело продолжалось.
Следователи считали, что два заместителя гендиректора (Глушков и Красненкер, в СССР писавший для Березовского диссертации «на заказ») и главный бухгалтер Крыжевская «ввели в заблуждение» гендиректора маршала Шапошникова, убедив его сосредоточить 80 % свободных валютных средств «Аэрофлота» на счетах швейцарской фирмы Andava, среди основных акционеров которой были Березовский и Глушков. Только в 1996–1997 годах через нее прошло 252 млн. долл., из которых около 40 млн. были украдены. Обвинения против Березовского были выделены в отдельное дело, а «дело „Аэрофлота“» закончилось лишь в 2004 году: обвиняемые были признаны виновными в нетяжких преступлениях и отпущены как отбывшие наказание или по амнистии. В 1999 году скандал достиг такой интенсивности, что его гендиректор Окулов специально заявлял, что у Березовского «нет ни одной акции „Аэрофлота“» и называл его контроль «мифом». Благодаря замене руководства это уже было так.