Столица Российской империи: Эпохи и стили от готики до неоготики XVII—XIX века. Очерки - стр. 29
В 1857—1858 годах деревянные конструкции шпиля заменены металлическими по проекту архитектора К. А. Тона и инженера Д. И. Журавского. В 1864—1866 годах вместо прежних деревянных царских врат установили бронзовые, созданные по проекту архитектора А. И. Кракау. Новые плафоны для собора написал Д. Больдини (1875—1877). В 1905 году на колокольню собора подняты новые колокола.
Петропавловский собор был и музеем воинской славы Российской империи. В XVIII веке сюда торжественно помещали трофейные знамена, ключи от городов и крепостей, взятых русскими войсками во время войн со Швецией и Турцией – главными противниками России. Впервые церемония торжественного внесения шведских знамен произошла в 1710 году после взятия Выборга. Опасность нападения шведов с тех пор не угрожала молодому Санкт-Петербургу. Ныне большая часть трофеев находится в Эрмитаже. В 1919 году собор был закрыт, с 1924 года там начал работу музей, но большинство культовых ценностей (серебряная утварь, книги, иконы, облачения священников) отдано в другие музеи. Собор пострадал во время ленинградской блокады, в 1952 году отреставрированы его фасады, в 1956—1957 годах – интерьеры, в 1954 году здание передано Музею истории города.
В 20-х годах ХХ века в Петропавловской крепости создан филиал музея революции. Сейчас это – историко-культурный заповедник «Петропавловская крепость – Государственный музей истории Санкт-Петербурга». В 1932—1933 годах помещения Иоанновского равелина были отданы Газодинамической лаборатории. С 1973 года там работает экспозиция «История ракетостроения и космонавтики. Газодинамическая лаборатория». Так старая крепость стала причастна к триумфу российской науки ХХ века – освоению космоса. В годы Великой Отечественной войны стены и здания Петропавловской крепости пострадали от фашистских артобстрелов и бомбардировок. Реставрационные работы и музеефикация невской твердыни начаты в 1951 году и продолжаются поныне. В 1957 году возобновлена традиция полуденного выстрела, существовавшая с самого начала строительства петровской фортеции. Сейчас сигнальный пушечный выстрел производится с Нарышкина бастиона, звук его слышен в исторической части Санкт-Петербурга. Большой общественный резонанс в наши дни получили раскопки петербуржских археологов в ходе реставрационных работ в Петропавловской крепости. В XXI веке найден подземный ход под Иоанновским равелином, выводящий на южный берег Невы. Он предназначен для скрытой переброски солдат. Этот ход называется потерна. Сейчас там размещен современный выставочный зал.