История суда и правосудия в России. Том 2: Законодательство и правосудие в Московском государстве (конец XV – 70-е годы XVII века) - стр. 96
В 1589 г. при царе Федоре Иоанновиче было введено патриаршество и получено официальное закрепление этого статуса. Константинопольский патриарх в силу сложившейся ситуации признал автокефалию Русской православной церкви и создание Московского патриархата.
Таким образом, в период образования централизованного государства Русская православная церковь официально стала национальной и государственной. Однако остро встал вопрос о приоритетах светской и духовной власти. И если при первом патриархе Иове первенство светской власти не оспаривалось, то в период ослабления царской власти во время Смуты и правления первых Романовых обозначились претензии Русской православной церкви на доминирующее влияние в обществе. Например, патриарх Филарет, отец царя, после возвращения из плена стал именоваться так же, как и глава государства – «Государь всея Руси» и пользовался значительным влиянием.
В июле 1652 г. патриархом Московским и всея Руси был избран митрополит Никон – в миру Никита Минин (Минов). С самого начала он продемонстрировал склонность к всевластию, считая, что патриаршая власть – это единственная блюстительница нравственности и канона, исключительных прав и в церковных, и государственных делах. В 1653 г. патриарх направил во все церковные приходы и монастыри предписание о внесении изменения в богослужебный чин и основные церковные обряды (двуперстие заменить трехперстием, земные поклоны – поясными, многоголосие – единоголосием и т. д.). Царь и его окружение поддержали начало церковных реформ, хотя на местах было много противников этих изменений. В 1654 г. Никон инициировал исправление богослужебной литературы. В периоды отсутствия царя в Москве он позволял себе вмешиваться в государственные дела, чем вызывал недовольство у ряда членов Боярской думы и глав приказов. К 1657 г. отношения между царем и патриархом начали портиться, и в июле 1658 г. после очередного конфликта Никон отрекся от патриаршества и удалился в основанный им Новоиерусалимский монастырь. В 1666–1667 г. на Церковном соборе с участием двух вселенских патриархов Никон был обвинен в теократизме и повторно отрешен от сана и священства. После этого он был сослан в отдаленный монастырь.
Результатом церковной реформы стало установление вселенского характера русского православия, разрешение спора о примате светской или духовной власти в пользу первой. Проведение никоновской реформы и подтверждение ее основных положений Церковным собором 1666–1667 гг. стало причиной раскола в Русской православной церкви, который многими исследователями рассматривается как социально-политическое движение, выразившееся в религиозной форме.