Энциклопедия диссидентства. Восточная Европа, 1956–1989. Албания, Болгария, Венгрия, Восточная Германия, Польша, Румыния, Чехословакия, Югославия - стр. 59
В октябре 1968 года все трое были арестованы, в середине января 1969 года они предстали перед судом. Генов отказался от защитника и не признал своей вины. Как инициатор всей акции и «руководитель подпольной контрреволюционной группы» он получил самый суровый приговор – 5 лет тюрьмы. После апелляции срок был уменьшен до 3,5 лет.
Осенью 1969 года Генов принял участие в бунте заключенных, сторонников ликвидированного в 1940‐е *Болгарского земледельческого народного союза «Никола Петков», за что был приговорен еще к 8 годам. В 1978 году вышел на свободу, но постоянно находился под наблюдением органов госбезопасности.
В 1986 году возобновил оппозиционную активность: подписал вместе с группой болгарских активистов подготовленное Григором Божиловым открытое письмо – обращение к Венской конференции СБСЕ. Был выслан за это в деревню Михалково в Родопских горах.
В 1987 году в воззвании, распространенном через западные радиостанции, Генов снова протестовал против нарушения прав человека в Болгарии.
16 января 1988 года в городе Септември он вместе с Илией Миневым, Григором Божиловым, Димитром Томовым, Благоем Топузлиевым и Петром Маноловым основал *Независимое общество защиты прав человека, первую организацию такого рода в Болгарии. Ее создатели опирались на положения Хельсинкского Заключительного акта и на идеи Всеобщей декларации прав человека. Власти отказали обществу в регистрации. На страницах органа ЦК БКП «Роботническо дело» общество было раскритиковано как организация антиконституционная, антигосударственная и антисоциалистическая, использующая «физический и моральный террор» и стремящаяся к свержению существующего строя.
В октябре 1988 года Генов был выслан в США. Вскоре к нему присоединились жена и ребенок. Из США он информировал мировую общественность о положении в Болгарии в последние годы существования тоталитаризма.
Скончался в Сан-Франциско.
10 ноября 2014 года президентом РБ Росеном Плевнелиевым награжден посмертно орденом «За гражданские заслуги» І степени. Именем Эдуарда Генова названа улица в Софии.