Бухара в Средние века. На стыке персидских традиций и исламской культуры - стр. 25
Между братьями возникла ссора, возможно из-за суммы налогов, которые Исмаил должен был отправлять каждый год в Самарканд. Как бы там ни было, в 885 г. вспыхнула гражданская война, и поначалу верх одерживал Наср, поскольку Исмаилу даже пришлось оставить Бухару. Нет необходимости рассматривать ход этой борьбы, включая и первое примирение между братьями, за которым последовала дальнейшая вражда. В 888 г. Исмаил победил в сражении и взял своего брата Насра в плен. Обращение с Насром Исмаила записано в истории, дабы показать великодушие характера последнего. Повествование сообщает, что, когда Исмаил встретился со старшим братом, он спешился и поклонился, прося прощения за свои грехи и ошибки. Затем отправил Насра в Самарканд, оставив его главой рода Саманидов и наместником Трансоксианы. Наср был тронут таким отношением, а Исмаил заслужил вошедшую в историю репутацию доброго и чуткого правителя. В 892 г., после объявления Исмаила своим преемником и передачи на его попечение своей семьи, Наср скончался.
Новому правителю требовалось объединить свои владения, для чего устраивались экспедиции против потенциальных мятежников или врагов, во время которых Исмаил подчинил город Тараз, переделав главную церковь города в мечеть. Христиане-несториане были достаточно широко распространены среди тюрков и даже проникли в Китай за несколько веков до правления Исмаила. Свою власть в Трансоксиане Исмаил укрепил при помощи договоров с местными династиями, а также назначая наместниками членов рода Саманидов из близких своих приверженцев. Например, его младший брат, Исхак ибн Ахмед, стал наместником Ферганы вместо другого брата, поддерживавшего Насра против Исмаила. Государство нуждалось в единстве, поскольку схватки с Амром, братом и преемником Якуба ибн Лейса, было не избежать.
В 898 г. Амр находился на пике своего могущества, и Саффариды, так называлась его династия, правили большей частью Ирана. В том же году халиф был вынужден назначить Амра наместником Трансоксианы, сместив при этом назначенного в 893 г., после смерти Насра, Исмаила. И хотя назначение халифом Амра наместником являлось скорее символическим, официально оно означало, что Амр имел право на управление землями севернее Окса вместо Саманидов. Следует упомянуть, что Амр захватил и убил эмира Хорасана Рана ибн Харсаму, назначенного халифом преемником Тахиридов в качестве противовеса Саффаридам. Некоторые источники сообщают, что Ран с Исмаилом были друзьями, поэтому имелся целый ряд причин для враждебных отношений между Саманидами и Саффаридами.